ATmega644には無印644、644P、644A、644PAがありますが、それぞれ微妙に機能が違います。
その違いをブロック図で見ていきたいと思います。（それぞれデータシートから抜粋しました）
まず無印644です。
次に、Sanguinoに使われていて、秋月でも扱っている644Pです。ちなみに秋月のサイトに掲載されているデータシートは644Aのものだったりします。
大きな変化では、
- UART1が追加されている
- Timer/CounterのPortへの接続先が微妙に変わっている
- OscillatorブロックからTOSC1/TOSC2の信号が出ている
というところが変わっています。
さらに644Aです。
さらに、644Aでは16bitのT/C3が追加されているのと、なぜかもう一つ16bit T/C1 の箱が増えています。また、ポートとの接続も複雑になっています。
次に644PAです。
644PAでは大きな変更はなさそうです。
644、644P、644A、644PAでは微妙に差があるので、データシートを見るときは気をつけてみる必要がありそうです。