出張中にrsyncによるバックアップが終わっていたので、元のミラーディスクを消去します。
（ちなみにバックアップはLinux上でも別にrsyncで取ってありますので、二重化はされたままです）
ストレージを表示し、先にバックアップをとったボリュームのところの赤×がついたアイコンをクリックしてボリュームを削除します。この時、Windows共有（CIFS）の設定をクリアするか聞いてきますが、クリアしないで残しておきます。（CIFSの共有自体はrsyncでバックアップを取る前に停止してあります）
改めてボリュームマネージャで同じボリューム名で２本のHDDをミラーリングにてZFSボリュームを作成します。この時の設定として暗号化を追加します。
ボリューム作成が終わったらバックアップからの復元のためにrsyncで逆方向のコピーを行ってデータを復元しますが、また長い長い時間がかかります。放置しておくしかありませんので、今日はここまでです。
あとはCIFSのサービスを再開させればいいのだと思いますが、どうでしょうかね。
＜追伸＞
CIFSサービスを再開させるだけで無事にファイルサーバとして復帰してくれました。