UbuntuをWindowsとのデュアルブートやUSBブートで使っていると気づくのですが、UbuntuはシステムのRTC（リアルタイムクロック）をUTC（世界標準時）と決め打ちでインストールしてしまうようで、さらにNTPでネットワークから時刻を拾ってきてシステムの時計を修正してしまうようです。
そのため、USBやデュアルブートでUbuntuを使った後、Windows（自分の場合はXP）を使うと時計が９時間ずれてしまっています。
で、調べて見たところ、Ubuntu日本語フォーラムに回答がありました。読んでみると、Ubuntu8.10あたりから起きているようです。
修正方法は簡単で、/etc/default/rcS の中に、「UTC=yes」という記述があるので、それを「UTC=no」に修正するだけでした。
これで再起動後にWindowsの時計が狂っている、ということもなくなりました。